菊池川は、その源を熊本県阿蘇市深葉(標高1,041ｍ)に発し、阿蘇外輪山の渓流をあつめ菊池市を流下して迫間川、合志川、岩野川等を合わせつつ菊鹿盆地を貫流し狭窄部に入り、玉名平野に出て玉名市において木葉川及び繁根木川等を合わせ有明海に注ぐ、流域面積996km²、幹川流路延長71kmを有する熊本県最北端の一級河川です。

流域は熊本、大分の両県にまたがり、その形状は楕円形をなし、主要支川の大部分が、菊鹿盆地の山鹿周辺に集中して合流する流域面積996km²[山地部787km²（79.0%）、平地部209km²（21.0%）]幹川流路延長71kmを有する熊本最北端の一級河川です。流域内は、7市（菊池市・山鹿市・玉名市・阿蘇市・熊本市・合志市・大分県日田市）5町（大津町・菊陽町・和水町・玉東町・南関町）で構成され、流域内人口は約21万人、その内約14％の人が浸水想定区域内に住居しています。

気象は九州の中でも最も内陸型気候を示し、年間降雨量は2,400mm程度で、その内 1/2〜1/3が6,7月の梅雨期に集中し、既往水害の主要因となっています。

産業は農業が主で、米のほか近年ビニールハウスによるスイカ、メロン等の施設園芸が盛んで、首都圏、近畿圏方面に出荷され、農業人口は流域人口の70%を占めています。河口部は不知火、有明、大牟田新産業地域に属し、一時活況を呈していましたが現在特定不況地域に指定され、構造転換の必要が迫られています。また、流域上流南部の市町村は、テクノポリスに指定され、先端産業等の誘致が進み、今後発展が大いに期待されています。

観光は、流域内に山鹿温泉等数多くの温泉と江田船山古墳（国指定重要文化財）に代表される多くの古墳が分布し、観光資源として流域経済の一翼を担っています。近年、流域内市町村に於いては、これら貴重な資源の付加価値を高め、滞在型観光開発を目指した地域活性化策が講じられつつあり、今後の発展が期待されてます。

利水は主に農業用水として約120の堰及びポンプにより取水されている他、発電ならび に大牟田市等の上工用水に利用されています。