高鍋町の中央北寄りを西から東に流れる延長73ｋｍの一級河川である。その源は東臼杵郡椎葉村南部の三方岳に発し、尾鈴山の西麓に沿って南に流れ、石河内付近で東に曲がり、木城町を貫流して高鍋町を洗い、蚊口浦に出て日向灘へと注いでいる。小丸川の名のいわれは、大字持田の小字｢小丸」（こまる）であろう。大昔、小丸川が切原川と合流していたころ、一つの支流が「小丸」（こまる）あたりを流れ、兀（はげ）ノ下と坂本坂の間を通って本流（小丸川）に合流していた。この地名の「こまる」を取って「こまる川」とし、後に「おまる川」となったとの説。
また別の古い文献に北高鍋の小丸については｢小丸垂口（たれぐち）」と書いた例が見える。｢垂れ口」は「下がっていくところ」の意で、小丸川か小丸川原へ下って行く出はずれたところで、それが後には城下町から小丸川に行く道付近を広く指して小丸といい、そのことから小丸川との呼び名が付いたものとの説もある。ちなみに木城では小丸川を高城川と呼んでいた。