菊池川流域は九州の気候区分から内陸型気候区に入り、北は筑紫山地、西は多良・雲仙の火山群、東は阿蘇火山、南は九州山脈と四周を山地で囲まれており、年間の降雨量は1,300�o〜2,700�o程度で6・7月の梅雨期には年間降雨量の1/3〜1/2が降っており、菊池川の洪水は前線性によるものが70％で、大洪水は全て前線性に起因しています。過去の洪水記録を見ると、古くは天安2年（西暦858年）の記録が残っており、近年では昭和28年、昭和57年、平成2年と大洪水があり、特に平成2年は史上まれにみる洪水となりました。
なお、下表は昭和年間以降の主な洪水で、梅雨による洪水被害が頻発しています。

発生年月日	原因	玉名地点 流量（m3/s）	被害状況
昭和10(1935)年 6月28日〜30日	梅雨	不明	死者4名、床上浸水520戸、床下浸水3,077戸、船舶難破2、山崩数百ヶ所、橋梁流失20、堤防決壊43、道路決壊50、農作物被害面積25,794町歩
昭和28(1953)年 6月24日〜28日	梅雨	(2,960)	死者7名、負傷者328名、家屋全半壊500戸、流失72戸、床上/床下浸水15,335戸、田畑被害970ha
昭和37(1962)年 6月30日〜7月8日	梅雨	1,868	死者8名、行方不明者1名、負傷者6名、家屋全半壊115戸、流失2戸、床上/床下浸水6,389戸、田畑冠水4,887ha
昭和44(1969)年 6月28日〜7月5日	梅雨	1,646	人的被害2名、床上/床下浸水1,208戸、田畑冠水4,910ha、被災者概数4,710人
昭和54(1979)年 6月22日〜30日	梅雨	2,305	死者5名、床上/床下浸水738戸、田畑被害2,300ha
昭和55(1980)年 7月1日〜2日	梅雨	2,292	家屋全半壊12戸、床上/床下浸水847戸、田畑被害4,278ha、被害箇所34箇所、道路被害352箇所、総氾濫面積15.2km2
昭和55(1980)年 8月27日〜31日	台風	2,482	死者1名、行方不明者10名、負傷者1名、家屋全半壊47戸、床上/床下浸水3,900戸、田畑冠水4,942.9ha
昭和57(1982)年 7月23日〜25日	梅雨	2,985	死者6名、行方不明者1名、負傷者12名、床上/床下浸水3,721戸、道路被害1,365箇所、田畑冠水4,575ha、橋梁流出14基、総氾濫面積27.97km2
平成元(1989)年 9月1日〜3日	寒冷前線	2,302	死者3名、家屋全半壊12戸、床上/床下浸水537戸、田畑冠水794.1ha
平成2(1990)年 6月29日〜7月3日	梅雨	4,275	降り始めからの総雨量は、木護で756.5�o、穴川で735.0�oに達し、それまでの降雨で地盤は保水力の限界に達しており、流域内に降った雨が一気に洪水となって菊池川に流出した。 　洪水は菊池川の山鹿水位観測所で、7月2日12時40分に当事務所観測史上最高の7.85mに達し、計画高水位(H.W.L)6.76mを1.09mもオーバーし、右岸の堤防の天端まであと16�pにせまり越水寸前であった。
平成5(1993)年 6月18日〜19日	梅雨	2,784	負傷者1名、家屋全半壊2戸、床上/床下浸水164戸、田畑冠水571.1ha、河岸洗掘崩壊23箇所、総浸水面積約420ha
平成9(1997)年 7月6日〜13日	梅雨	2,395	床上/床下浸水27戸、水田冠水430ha、河岸洗掘崩壊8箇所、総浸水面積約430ha
平成11(1999)年 9月10日〜11日	低気圧	1,921	床上浸水25戸、床下浸水83戸、田畑冠水77ha、一般被害額246百万円
平成18(2006)年 6月22日〜27日	梅雨	1,758	床上浸水3戸、床下浸水2戸、水田冠水39.6ha、河岸洗掘5箇所
平成18(2006)年 7月23日〜24日	梅雨	2,666	床下浸水2戸、水田冠水74.32ha、河岸洗掘8箇所
平成21(2009)年 6月29日〜7月1日	梅雨	2,349	堤防浸食1箇所、内水42.2ha
平成24(2012)年 7月11日〜7月14日	梅雨		床上/床下浸水196戸、氾濫面積740ha、総雨量は大鶴観測所で800�oを超え、河川水位は菊池川の広瀬、分田、菰田観測所、合志川の佐野観測所、木葉川の津留観測所で観測史上最高の水位を記録した。 　特に合志川では舟島橋から高江橋の約5�qにわたって溢れ出した。

平成2年7月の洪水写真