日本では、昔からし尿を農作物の肥料として用いており、ヨーロッパのように、し尿を直接川に流したり、道路に捨てるということはあまりありませんでした。

しかし、明治時代になって、人々が東京などの都市に集まるようになると、大雨によって家が水に浸かったり、低地に流れないで溜まったままの汚水が原因で、伝染病がはやったりするようになりました。そこで、明治17年（1884），日本ではじめての下水道が東京で作られました。その後、いくつかの都市で下水道が作られたものの，全国に普及することにはなりませんでした。

本格的に下水道が整備されるようになったのは、第二次世界大戦後、産業が急速に発展して、都市への人口の集中が進んでからのことです。また、産業の発展に伴い、昭和30年（1955）頃から、工場等の排水によって河川や湖沼などの公共用水域の水質汚濁が顕著となりました。そのため、昭和45年の下水道法の改正により、下水道は町の中を清潔にするだけでなく、公共用水域の水質保全という重要な役割を担うようになりました。