平成11年6月29日、福岡地方を襲った記録的な豪雨（1時間最大79.5mm）により、市内各所で内水・外水が氾濫し、3,000戸を超える浸水被害が発生した。

また、その4年後の平成15年7月19日には、御笠川上流域の大宰府市で降った観測史上最大の豪雨（1時間最大104.0mm）により、御笠川が溢水し、博多区で大規模な浸水被害が発生した。

特に、博多駅周辺では、二度にわたり地下空間に雨水が流入し、地下街などの地下施設で大きな被害が生じたほか、地下鉄が不通になるなど交通機関に混乱を招いた。

このため、再度災害防止の観点から雨水整備水準を見直し（59.1mm/h→79.5mm/h）、新たに雨水貯留管や雨水調整池などの雨水流出抑制を計画に盛り込んだ「雨水整備レインボープラン博多」を策定し、一刻も早い浸水解消に向けた整備を行っているところである。