過去の洪水被害
本明川流域では、これまで洪水が繰り返し発生しており、諫早大水害（昭和32年）以降も大きな洪水が発生しています。
昭和32年以降の主な洪水
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| 発生年月日 | 発生原因 | 水文状況 | 被害状況 | |
| 実績流量 （裏山） （m3/s） |
日雨量 （裏山上流域） （mm） |
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| 昭和32年 7月25日 （諫早大水害） |
梅雨前線 | 約1,070 （推定値※1） |
約620 | 死者：494名、行方不明者：45名（死者・行方不明者：630名※2） 負傷者：1,476名、家屋全壊・流出：727戸、家屋半壊：575戸、 床上浸水：2,734戸、床下浸水：675戸 |
| 昭和37年 7月7日 |
梅雨前線 | 約730 | 約250 | 負傷者：14名、家屋全壊：60戸、家屋半壊：25戸、 床上浸水：2,262戸、床下浸水：8,058戸 |
| 昭和57年 7月22～24日 （長崎大水害） |
梅雨前線 | 約690 | 約470 | 床上浸水（外水）：118戸、床上浸水（内水）：494戸、 床下浸水（外水）：168戸、床下浸水（内水）：713戸 |
| 平成11年 7月23日 |
熱帯低気圧 | 約720 | 約290 | 床上浸水（内水）：397戸、床下浸水（内水）：227戸 |
| 平成23年 8月23日 |
前 線 | 約700 | 約200 | 床上浸水（内水）：5戸※2、床下浸水（内水）：24戸※2 |
| 令和2年 7月6日 |
梅雨前線 | 約810 | 約340 | 床上浸水（内水）：1戸※2、床下浸水（内水）：5戸※2 |
諫早大水害（昭和32年7月）の被害状況
昭和57年7月の洪水の様子
平成11年7月23日の浸水の様子
平成11年には、本明川の裏山水位観測所で水位が1時間に約2m上昇し、旧諫早市全域（約3万4千世帯、9万4千人）に避難勧告が出されました。
過去の渇水被害
本明川は、洪水氾濫の危険性だけでなく、浸水による被害がたびたび起こっており、農作物の被害の他、魚類などの生息環境に影響を与えています。
これまでの主な渇水
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| 発生年 | 被害状況 |
|---|---|
| 昭和35年 | 深刻な県下の水不足、農作物被害が18億円。 |
| 昭和41年 | 干ばつにより、諫早市の水田面積の半分にあたる約1,100haに被害。県下の水稲被害は5億3,300万円。 |
| 昭和42年（長崎渇水） | 県下の農作物は戦後最大の被害となり、水稲は作付面積の76%が被害を受け、被害額は40億円。 |
| 昭和57年 | 諫早市長田地区で、田植えが遅れる等の被害が出たため、消防団の緊急出動により支援水を送る。 |
| 平成6年（列島渇水） | 本明川でアユやハヤの大量死がつづいたため諫早市が魚を救出。 諫早市は1,165haの作付面積のうち176haで水不足が発生。諫早市における農作物の被害は約1億5千万円。 |
平成6年7月の渇水の様子
