◆菊池川の多様な動植物が生息・生育・繁殖する河川環境と良好な河川景観等を保全します。
◆地域住民の憩いの場となる水辺空間等を地域住民や関係機関と連携しながら創出していきます。
◆水質の保全と向上を地域住民や関係機関と連携しながら進めていきます。
◆菊池川を次世代に引き継いでいくために、学校関係者、自治体、住民団体と連携しながら、河川環境教育等を行います。

●菊池川の河川環境は、下流域の「干潟」、中流域の「河畔林・山付き林」、中流域〜上流域の「瀬・淵」により特徴づけられます。また国指定天然記念物の「菊池川のチスジノリ発生地」や、環境省の「日本の重要湿地500」に指定された河口部など、豊かな自然がみられます。

●河川整備にあたっては、河川の自然の営みを視野にいれ、生物の生息・生育環境や河川景観の保全・創出を目指す「多自然川づくり」を継続的に実施することで、水際の豊かな環境や美しい景観に配慮します。

●確認されている特定外来生物のうち、ブラジルチドメグサは菊池川流域で増加しており、在来の水草の生育場を奪ったり、洪水を流す際の妨げになったり、有明海に流れ出して海苔養殖へ悪影響を及ぼすなど、各方面に被害を及ぼすおそれがあります。
●菊池川の水質は環境基準値をおおむね満足しています。
●流域内の人口増加や畜産業の振興により環境基準を満足してなかった合志川でも、近年は環境基準値程度となっています。
●菊池川では、水質浄化を目的として、平成4年に全国で初めて流域単位での統一した条例「菊池川を美しくする条例」が制定・施行され、自治体の枠を越えた水質浄化活動が進められています。