この協議会は、水防法第15条の9及び10に基づき、番匠川圏域において、想定最大規模の降雨により河川が氾濫した場合の水災による被害の軽減に資するハード対策及びソフト対策の取組を、佐伯市、大分県、大分地方気象台、国土交通省佐伯河川国道事務所の防災関係が連携し、総合的かつ一体的に推進することを目的として、平成28年6月2日に番匠川水系を対象とした番匠川水系水防災意識社会再構築協議会として設置しました。
その後の平成29年5月31日の第3回協議会において、本協議会の適用範囲が、それまでの番匠川水系から佐伯市内の県管理河川流域まで拡大することが了承されました。
平成28年8月17日開催の第2回協議会において、番匠川の大規模水害に対し、また、平成30年2月21日開催の第4回協議会において、番匠川圏域における県管理河川の大規模水害に対しそれぞれが、「迅速な行動」と「社会経済被害の最小化」を目標として、防災関係機関が一体となってハード及びソフト対策を計画的に推進するための大規模水害に備えた『減災に係る取組方針』を策定しました。