| 昭和15年4月 | 直轄河川編入、改修工事着工、内務省下関土木出張所、菊池川改修事務所を設置(玉名町高瀬、現在玉名市高瀬) |
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| 昭和15年7月 | 高瀬工場、山鹿工場設置 |
| 昭和18年11月 | 下関土木出張所は九州土木出張所となる |
| 昭和22年7月 | 球磨川改修事務所と菊池川改修事務所を併せて熊本工事事務所を設置 |
| 昭和23年9月 | 熊本工事事務所から分離して菊池川工事事務所を設置 |
| 昭和24年6月 | 菊池川工事事務所を玉名工事事務所に改称 |
| 昭和25年4月 | 玉名工事事務所を菊池川工事事務所に改称 |
| 昭和26年9月 | 事務所を玉名市から山鹿市に移転 |
| 昭和29年9月 | 山鹿出張所を廃止し菊池出張所を設置 |
| 昭和32年4月 | 菊池川工事事務所を山鹿工事事務所に改称、高瀬出張所を玉名出張所に改称 |
| 昭和33年6月 | 山鹿国道出張所設置 |
| 昭和36年9月 | 菊池出張所を山鹿出張所に改称、所在地を変更 |
| 昭和37年4月 | 山鹿国道出張所は熊本工事事務所所属となる |
| 昭和38年4月 | 山鹿工事事務所を菊池川工事事務所に改称 |
| 昭和42年5月 | 菊池川が一級河川に指定される |
| 昭和44年12月 | 菊池川工事事務所新庁舎落成 |
| 平成13年1月 | 省庁再編に伴い建設省から国土交通省となる |
| 平成14年4月 | 竜門ダムが菊池川工事事務所の支所となる |
| 平成15年4月 | 菊池川工事事務所を菊池川河川事務所に改称 |
| 昭和16年~20年 | 山鹿第1捷水路工事 |
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| 昭和21年~26年 | 山鹿第2捷水路工事 |
| 昭和27年~28年 | 山鹿大橋架替工事 |
| 昭和33年~42年 | 菊池捷水路工事 |
| 昭和46年~53年 | 岩原川付替工事 |
| 昭和47年~48年 | 寺田水門改築工事 |
| 昭和48年~53年 | 山鹿大堰の建設 |
| 昭和53年~57年 | 玉名排水機場工事 |
| 昭和57年~61年 | 直轄河川激甚災害対策特別緊急事業 (菊水町~山鹿市12k/200m間) |
| 平成4年~7年 | 山鹿特殊堤工事 |
| 平成4年~13年 | 中流部特定緊急事業 (12k/600m~30k/400m間) |
| 平成11年~15年 | 直轄河川災害復旧等関連緊急事業 (菊池川水系、木葉川 1k/060m~1k/800m間) |
| 平成14年 | 竜門ダム完成 |
| 平成23年~ | 堤防強化事業(大浜・小浜地区) |
| 平成24年~ | 合志川改修事業 |